O papado de Francisco também foi marcado por sua luta para restaurar a credibilidade de uma Igreja abalada em seu âmago por escândalos de abuso sexual de clérigos, embora a maior parte dos crimes tenha ocorrido antes de sua eleição.

Francisco convocou quase 200 líderes da Igreja para uma cúpula em fevereiro de 2019 sobre abuso sexual de crianças pelo clero, emitiu um decreto histórico responsabilizando diretamente os bispos por abuso sexual ou encobrimento e aboliu o “sigilo pontifício” para casos de abuso. Ainda assim, grupos de vítimas disseram que isso era muito pouco e muito tarde.

A crise da Covid-19 o obrigou a cancelar todas as viagens em 2020 e a realizar audiências gerais virtuais, privando-o do contato com as pessoas, que era o seu forte.

Mas ele também disse que a pandemia ofereceu uma chance para uma grande redefinição, para diminuir a diferença entre as nações ricas e pobres. “Podemos sair dessa pandemia melhores do que antes ou piores”, disse ele com frequência. Ele criticou o “nacionalismo das vacinas”, dizendo que os países pobres deveriam ter prioridade.

Em 27 de março de 2020, quando o mundo inteiro estava em várias formas de confinamento e o número de mortes aumentava em espiral, ele realizou um serviço de oração dramático e solitário na Praça de São Pedro, pedindo a todos que vissem a crise como um teste de solidariedade e um lembrete dos valores básicos.

Francisco fez uma limpeza na Cúria, a administração central da Igreja Católica Romana, que foi considerada responsável por muitos dos erros e escândalos que prejudicaram o pontificado de oito anos do Papa Bento 16.